菌種保藏是微生物學工作者的重要研究手段之一，其目的是把菌株的原始性狀和優良性狀保存下來，防止死亡、退化或雜菌污染。菌種保藏方法很多，現簡單介紹幾種：
1、低溫保藏法
固體斜面抱子，液體抱子，麩皮，大米，小米或玉米粉等材料制備的抱子等，都可用4左右低溫冰箱保存，時間在30～60天（根據菌種穩定性而定），也可在棉塞上浸蠟，一般可達3～4個月，至半年之久。
2、低溫定期移植保存法
這是一種經典的簡易保存法，即菌種接種于所要求的斜面培養基上，置最適溫度下培養，至所需要的發育階段后，置于低溫，干燥處保存，每隔3～6個月移植培養一次(具體視菌種特性而定)。
除斜面定期移植外，還有穿刺培養定期移植法，對大腸桿菌，極毛芽抱桿菌效果良好，穿刺培養基瓊脂的含量比常用量少1/2（約0.6 %～0.8%）。
3、液體石蠟法
選用優質純凈的液體石蠟，經121高壓滅菌2 h,然后170干熱處理1～2 h,以除水分，冷卻后加到斜面上，覆蓋以超過斜面為宜。菌種用的試管塞為橡皮塞，并用蠟封上，放陰涼室溫處即可。
4、砂土保藏法
（1）砂土載體準備：將黃砂用自來水浸泡洗滌數次，使pH為中性，然后濾出烤干，用60目鋼絲篩除去粗粒備用，同時采用貧痔的深挖lm以下的土，自來水浸泡洗滌數次使pH中性，待沉淀后，棄去上清液，烤干后輾末，120目過篩，將上述砂和土以1:1混合，裝入1.2 cm X lO cm安培管中，裝量為試管1/7左右，塞好棉塞，120高壓滅菌1 h,間歇滅菌5～6次，烤干備用。
（2）菌種準備：取生長良好、孢子豐富的新鮮斜面。需純菌，加滅菌蒸熘水2～2.5 ml,輕輕刮下孢子，吸0.2～0.3 ml到滅菌備用的沙土中，真空干燥4～6 h,低溫4保存。適用于產芽孢的細菌、放線菌和真菌、可保藏5～7年。
5、冷凍干燥法
這是菌種保藏比較理想的一種方法，適用千多種細菌和放線菌。在多數情況下，也適用于真菌、酵母、病毒、噬菌體、立克次氏體。它具有變異少，保藏時間長，輸送貯存方便之優點。
6、液氮超低溫保藏法
（1）材料：液氮冰箱或液氮法。 優質玻璃瓶安瓿管（規格7.5mm X 10mm）液氮
（2）方法：將欲保藏的菌種懸液或菌塊（常用保護劑為10％甘油或5%～10％二甲基亞楓）密封于安瓿瓶內，先經控制致冷速度，預凍后，貯藏于－l5O至－196液氮冰箱中保存，保存期間需注意及時補充液氮。需恢復培養時，取出安瓶管急速放35～40溫水中，使其迅速融化后，打開，移種。這是一種保藏菌種的好方法，國外已廣泛使用。
