1、計數器測定法
即用血細胞計數器進行計數。取一定體積的樣品細胞懸液置于血細胞計數器的計數室內，用顯微鏡觀察計數。由于計數室的容積是一定的(0.1mm3)，因而根據計數器刻度內的細菌數，可計算樣品中的含菌數。本法簡便易行，可立即得出結果。本法不僅適于細菌計數，也適用于酵母菌及霉菌孢子計數。
2、電子計數器計數法
電子計數器的工作原理是測定小孔中液體的電阻變化，小孔僅能通過一個細胞，當一個細胞通過這個小孔時，電阻明顯增加，形成一個脈沖，自動記錄在電子記錄裝置上。該法測定結果較準確，但它只識別顆粒大小，而不能區分是否為細菌。因此，要求菌懸液中不含任何碎片。
3、活細胞計數法
常用的有平板菌落計數法，是根據每個活的細菌能長出一個菌落的原理設計的。取一定容量的菌懸液，作一系列的倍比稀釋，然后將定量的稀釋液進行平板培養，根據培養出的菌落數，可算出培養物中的活菌數。此法靈敏度高，是一種檢測污染活菌數的方法，也是目前國際上||許多國家所采用的方法。
使用該法應注意：
①一般選取菌落數在30～300之間的平板進行計數，過多或過少均不準確；
②為了防止菌落蔓延，影響計數，可在培養基中加入0.001%一氯化三苯基四氮唑(TTC)；
③本法限用于形成菌落的微生物。
廣泛應用于水、牛奶、食物、藥品等各種材料的細菌檢驗，是最常用的活菌計數法。
4、比濁法
比濁法是根據菌懸液的透光量間接地測定細菌的數量。細菌懸浮液的濃度在一定范圍內與透光度成反比，與光密度成正比，所以，可用光電比色計測定菌液，用光密度(OD值)表示樣品菌液濃度。此法簡便快捷，但只能檢測||含有大量細菌的懸浮液，得出相對的細菌數目，對顏色太深的樣品，不能用此法測定。
5、測定細胞重量法
此法分為濕重法和干重法。濕重法系單位體積培養物經離心后將濕菌體進行稱重；干重法系單位體積培養物經離心后，以清水洗凈放人干燥器加熱烘干，使之失去水分然后稱重。此法適于菌體濃度較高的樣品，是測定絲狀真菌生長量的一種常用方法。
6、測定細胞總氮量或總碳量
氮、碳是細胞的主要成分，含量較穩定，測定氮、碳的含量可以推知細胞的質量。此法適于細胞濃度較高的樣品。
7、顏色改變單位法（colour change unit,簡稱CCU）
這種方法通常用于很小，用一般的比濁法無法計數的微生物，比如支原體等，因為支原體的液體培養物是完全透明的，呈現為清亮透明紅色，因此無法用比濁法來計數，由于支原體固體培養很困難，用cfu法也不容易計數，因此需要用特殊的計數方法，即CCU法。
它是以微生物在||培養基中的代謝活力為指標，來計數微生物的相對含量的，下面以解脲脲原體為例，簡單介紹其操作：
（1）取12只無菌試管，每一管裝1.8ml解脲脲原體培養基。
（2）在第一管加入0.2ml待測解脲脲原體菌液，充分混勻，從中吸取0.2ml加入第二管，依次類推，10倍梯度稀釋，一直到最末一管。
（3）于37度培養，以培養基顏色改變的最末一管作為待測菌液的CCU，也就是支原體的最大代謝活力，比如第六管出現顏色改變，他的相對濃度就是10的6次方CCU/ml。
一般來說，比濁法和菌落計數法就可以滿足絕大多數細菌的計數，但是對支原體這樣比較特殊的微生物，用CCU法比較合適。測定微生物生長的方法很多，各種方法均有其優缺點，也不是在任何情況下都適用。在微生物學工作中一般常用的是平皿菌落計數法、計數器法和比濁法。至于哪種方法比較適合，還得根據具體條件而定。
