病菌為蘋果黑腐皮殼菌（原定名Valsa mali Miyabe et Yamada）；無性階段為殼囊孢（Cytospora sp.）;根據病原菌形態,小林享夫（1972）主張將蘋果樹腐爛病菌學名改為 （Valsa ceratosperma (Tode et Fr.)Maire）；無性階段為（Cytospora sacculus (Schwein.) Gvrtischvili）。子囊殼多在秋季產生于內子座中，黑色，球形或燒瓶狀,直徑320～540μm ,具長頸,頂端有孔口。子囊長橢圓形或紡錘形,無色,頂部鈍圓,大小28～35μm×70～10.5μm,內含8個子囊孢子。子囊孢子雙行或不規則排列,無色,單胞，香蕉形,大小7.5～10.5μm×1.5～1.8μm。分生孢子器產生于外子座內,直徑480～1600μm,其內多分成幾個腔室,各室相通,具一共同孔口。內壁密生分枝或不分枝、無色透明的分生孢子梗,長10.5～20.5μm。分生孢子無色,單胞，香蕉形,內含油球,大小4.0～10.0μm×0.8～1.7μm。病菌菌絲生長溫度5～38℃，最適為28～29℃；分生孢子萌發適溫為25℃左右，10℃左右也能萌發；子囊孢子萌發適溫為19℃左右。
